Penubuhan Kursi ini merupakan cetusan idea Tan Sri Prof. Datuk Seri Panglima Abu Hassan, Naib Canselor pertama Universiti Malaysia Sabah, dan disokong melalui sumbangan daripada Kerajaan Negeri Sabah kepada Universiti Malaysia Sabah. Dana tersebut diamanahkan kepada Universiti bagi menyokong pelaksanaan fungsi dan aktiviti Kursi.

Kursi Kadazan-Dusun berperanan menyediakan platform akademik bagi menjalankan penyelidikan khususnya dalam bidang etnografi, dengan memberi perhatian kepada masyarakat Kadazan-Dusun dan komuniti pribumi lain di Sabah. Penyelidikan dan aktiviti akademik yang dilaksanakan melalui Kursi bertujuan memperkukuh pemahaman, pendokumentasian dan pengembangan ilmu berkaitan masyarakat, budaya dan warisan pribumi Sabah.

Walaupun Kursi Kadazan-Dusun telah ditubuhkan pada tahun 1997, pelantikan pemegang Kursi yang pertama hanya bermula pada tahun 2003, iaitu dengan pelantikan Prof. Jacqueline Pugh-Kitingan sebagai pemegang pertama. Tempoh kepimpinan beliau berlangsung sehingga tahun 2016. Dari segi pentadbiran, pengurusan Kursi diselaraskan oleh Jawatankuasa Pentadbir Kursi Kadazan-Dusun pada peringkat pengurusan kanan Universiti Malaysia Sabah. Sebagai sebuah kerusi akademik, Kursi turut tertakluk kepada pemantauan pihak Universiti dan Kementerian Pendidikan Tinggi.