Semasa dalam fasa pertama pembangunan Universiti Malaysia Sabah (UMS), inisiatif bagi memulakan penyelidikan dalam bidang sains marin dan akuakultur telah diadakan dengan menubuhkan unit penyelidikan yang khusus pada tahun 1995. Ini telah mencerminkan keutamaan yang diberikan oleh pihak Universiti kepada subjek ini di dalam respon terhadap keperluan di Malaysia secara amnya dan di negeri Sabah secara khususnya, serta kepentingannya yang semakin berkembang di perspektif global.

Setelah merekrut sejumlah besar pakar, membangunkan infrastruktur dan menjalankan audit prestasi, UMS pada tahun 2000 telah memutuskan untuk menaiktaraf unit ini kepada status Pusat Kecemerlangan dan menamakannya sebagai 'Institut Penyelidikan Marin Borneo' (IPMB). Semenjak itu, Institut ini telah membuat kemajuan yang progresif dalam penyelidikan dan pembangunan dalam pelbagai bidang dalam skop temanya iaitu 'Pemuliharaan dan Pembangunan Mampan Sumber Marin'.

Pemilihan tema ini telah didorong oleh keperluan untuk penyelidikan inovatif dan relevan yang berorientasikan ke arah pemeliharaan ekosistem marin bagi sumbernya dan untuk menjalankan penyelidikan awal mengenai topik-topik dalam pelestarian akuakultur. IPMB telah menyumbang kepada pembangunan sumber manusia dalam bidang ini, menawarkan manfaat kepakarannya kepada agensi-agensi dan melaksanakan beberapa program kaitan secara langsung kepada masyarakat di samping untuk menjana pengetahuan dan teknologi baru.

OBJEKTIF