Institut Penyelidikan Marin Borneo telah berjaya mendapat beberapa pengiktirafan antarabangsa. Antaranya adalah:
- Pusat Kecemerlangan Berpotensi (HICoE), Kementerian Pendidikan Malaysia
- International Ocean Institute’s Focal Point for Malaysian
- Keahlian The Ocean Project
- Keahlian International Maritime Club dan
- Pusat Kerjasama Penyelidikan Akuakultur bersama Universiti Kinki, Jepun.
Selain itu, terdapat juga pelbagai institusi antarabangsa yang telah menerima IPMB sebagai sebuah platform bagi pembelajaran dan penambahbaikan karier yang mana kakitangan dan pelajar mereka boleh ditempatkan untuk melanjutkan pelajaran.